موسسه‌ی مطالعات شیعی سامراء نهادی پژوهشی است که بر آن است تا در گام نخست، به پژوهش درباره‌ی باورداشت مهدویت در آیین اسلام و به‌ویژه مذهب تشیع امامی اثنی‌عشری پرداخته و حوزه‌های مطالعاتی پیرامون آن چون اندیشه‌های چالشی مهدویت، تاریخ و جغرافیای شهر سامراء و دیگرجاهای منسوب به امام دوازدهم شیعیان، حوزه‌ی علمیه‌ی سامراء و آثار آن در مذهب تشیع، ادبیات این بخش از مذهب تشیع و… را نیز بررسی کند و در گام دوم، به دیگر مشخصه‌های فکری و تاریخی آن مذهب بپردازد و پژوهش‌هایی پذیرفتنی در سنت علمی مطالعات اسلامی به دست دهد. انتشار آن پژوهش‌ها با همکاری نشر نگاه معاصر و در مجموعه‌‌ی «مکتب سامراء» به انجام می‌رسد:
- نگارش کتاب‌ها و مقاله‌های پژوهشی؛
- نگارش آثار کتاب‌شناسی و فهرست‌های نسخه‌های خطی و کتاب‌های چاپی؛
- برگردان آثار پژوهشی به زبان‌های فارسی و انگلیسی؛
- احیاء نسخه‌های چاپ‌نشده یا نیازمند چاپ نو؛
- گردآوری مجموعه‌های اسناد.
طراحی ارنست هرتسفلد از پنجره‌ی سرداب سامراء (میانه‌ی ۱۹۰۷ تا ۱۹۱۳ م.)
(خاستگاه نشان موسسه‌ی مطالعات شیعی سامراء)
نشان موسسه‌ی مطالعات شیعی سامراء برگرفته از طراحی باستان‌شناس آلمانی، ارنست هرتسفلد، از پنجره‌ی چوبی سرداب سامراء (به باور شیعیان: جای عبادت امامان دهم تا دوازدهم) است که زمان آن طراحی به میانه‌ی سال‌های ۱۹۰۷ تا ۱۹۱۳ م. (۱۲۸۵ تا ۱۲۹۱ ش. و ۱۳۲۴ تا ۱۳۳۱ ق.) باز می‌گردد.
خلیفه‌ی عباسی، احمد الناصر لدین الله (حکومت: ۵۷۵ تا ۶۲۲ ق.)، در سال ۶۰۶ ق.، به نوسازی سرداب سامراء دستور داد و بر سکوی آن پنجره‌ای از چوب ساج گذاشت که روی آن نوشته شده بود:
بسم الله الرحمن الرحیم. قل لا أسألکم علیه أجراً إلا المودة فی القربی و من یقترف حسنة نزد له فیها حسناً إن الله غفور شکور. هذا ما أمر بعمله سیّدنا و مولانا الإمام المفترض الطاعة علی جمیع الأنام، أبوالعباس أحمد الناصر لدین الله، أمیر المؤمنین و خلیفة رب العالمین، الذی طبق البلاد إحسانه و عدله و عم البلاد رأفته و فضله ـ قرّب الله أوامره الشریفة باستمرار النجح و النشر و ناطها بالتأیید و النصر و جعل لأیامه المخلدة حداً لا یکبو جواده و لآرائه الممجدة سعداً لا یخبو زناده فی عز تخضع له الأقدار فیطیعه عواصیها و ملک خشع له الملک فیملکه نواصیها ـ بتولی معد بن الحسین بن معد الموسوی الذی یرجو الحیاة فی أیامه المخلدة و یتمنی إنفاق عمره فی الدعاء لدولته المؤبدة ـ استجاب الله أدعیته و بلّغه فی أیامه الشریفة أمنیته ـ من سنة ست و ستمائة و حسبنا الله و نعم الوکیل و صلی الله علی سیّدنا خاتم النبیین و علی آله الطاهرین و عترته و سلّم تسلیماً.
و آنچه روی چوب‌های دیوارهای داخلی در پشت آن پنجره نوشته شد، نام‌های امامان دوازده‌گانه‌ی خاندان پیامبر اسلام همراه با یادکرد از امام دوازدهم به «القائم بالحق» بود:
بسم الله الرحمن الرحیم. محمّد رسول الله، أمیرالمؤمنین علی ولی الله، فاطمة، الحسن بن علی، الحسین بن علی، علی بن الحسین، محمّد بن علی، جعفر بن محمّد، موسی بن جعفر، علی بن موسی، محمّد بن علی، علی بن محمّد، الحسن بن علی، القائم بالحق ـ علیهم السلام. هذا عمل علی بن محمّد ولی آل محمّد ـ رحمه الله.
بخشی از چوب‌های دیوارهای داخلی سرداب سامراء، دارای نام‌های امامان از خاندان پیامبر اسلام،
از جمله، امام دوازدهم شیعیان (القائم بالحق)
(باب الغیبة فی سامراء، بغداد، مطبعة الحکومة، ۱۹۳۸ م.، تصویر شماره‌ی ۱۲)
بر این پایه است که فقیه و محدث شیعی‌مذهب، میرزا حسین نوری طبرسی، در کتاب کشف الأستار عن وجه الغائب عن الأبصار (پاسخ به چالشی سُنّی به باورداشت مهدویت شیعی)، آن خلیفه‌ی اهل سنت را در مقام نوزدهمین تن از چهل سنی‌مذهب سرشناس باورمند به ولادت و امامت معنوی یا مهدویت «محمّد بن الحسن العسکری» آورده است.
فضل‌الله بن روزبهان خنجی و خلیفه‌ی عباسی، احمد الناصر لدین الله،
در میان سنیان دوازده‌امامی، در نسخه‌ی خطی کتاب «کشف الأستار عن وجه الغائب عن الأبصار»
به خط نویسنده‌اش، میرزا حسین نوری طبرسی (نجف، کتابخانه‌ی آیة الله حکیم، ش ۱۳۳۴)
این پنجره در نخستین هجوم به بارگاه مقدس سامراء (۳ اسفند ۱۳۸۴ ش.: ۲۵ محرم ۱۴۲۷ ق.)، با انفجار سرداب سامراء که در گام نخست و پیش از انفجار حرم مقدس سامراء انجام شد، آسیب‌هایی جدی دید اما از میان نرفت.
نمای بیرونی پنجره‌ی سرداب سامراء (ساخته‌ی احمد الناصر لدین الله، ۶۰۶ ق.)
(تصویر از ارنست هرتسفلد، میانه‌ی ۱۹۱۱ تا ۱۹۱۳ م.)
