مؤسسه‌ی مطالعات شیعی سامراء نهادی پژوهشی است که بر آن است تا در گام نخست، به پژوهش درباره‌ی باورداشت مهدویت در آیین اسلام و به‌ویژه مذهب تشیع امامی اثنی‌عشری پرداخته و حوزه‌های مطالعاتی پیرامون آن چون اندیشه‌های چالشی مهدویت، تاریخ و جغرافیای شهر سامراء و دیگرجاهای منسوب به امام دوازدهم شیعیان، حوزه‌ی علمیه‌ی سامراء و آثار آن در مذهب تشیع، ادبیات این بخش از مذهب تشیع و ... را نیز بررسی کند و در گام دوم، به دیگر مشخصه‌های فکری و تاریخی آن مذهب بپردازد و پژوهش‌هایی پذیرفتنی در سنت علمی مطالعات اسلامی به دست دهد. انتشار آن پژوهش‌ها با همکاری نشر نگاه معاصر و در مجموعه‌‌ی «مکتب سامراء» به انجام می‌رسد.